Une vigne doit non seulement produire du raisin de qualité, mais encore faut-il qu'elle en produise la quantité voulue et pendant le plus longtemps possible.
Il y aura donc à la sélection un aspect sanitaire, un aspect agronomique, et un aspect oenologique, avec vinification et dégustation. Ainsi, les résultats obtenus présentent une diversité importante, reflet du cépage population composé de nombreuses "lignées" différentes. Ces lignées, ou clones, sont la descendance par voie végétative (bouturage ou greffage) d'une seule "souche-mère". Toutes les "souches-filles" ainsi obtenues sont identiques entre elles et à la souche mère. Il faut noter que ce mode de reproduction est très répandu chez les végétaux, et naturel. Le terme de clone employé pour la vigne n'a donc rien à voir avec le clonage animal ou les OGM.

1 - La sélection sanitaire
Dans une région de tradition viticole plus que millénaire comme la Bourgogne, la vigne est  une monoculture intensive depuis longtemps, et une vieille parcelle arrachée est aussitôt replantée.
Malheureusement, cette façon de procéder comporte certains risques : certaines maladies de la vigne se maintiennent dans le sol, et une jeune parcelle pourra alors être contaminée dès sa plantation.
 

Ces maladies peuvent être dues à des virus. La vigne souffrira alors de dégénérescence infectieuse, avec des symptômes de court-noué et/ou de panachure. Les virus concernés, l'ArMV et le GFLV sont transmis à la vigne par de petits "vers" vivant dans le sol, les Nématodes. Ces nématodes se nourrissent en piquant les racines de la vigne, et injectent en même temps que leur salive les particules virales qui se maintiennent dans leurs glandes salivaires. (voir page sur les viroses )

C'est pourquoi certaines précautions doivent être prises lors de l'arrachage et de la replantation d'une vigne. L'utilisation de matériel végétal sain, dépourvu de viroses, fait bien entendu partie des précautions les plus élémentaires.

Ainsi, tous les plants de vigne sélectionnés par l'A.T.V.B. sont testés, à l'aide de tests sérologiques ELISA, vis-à-vis des viroses de la vigne européennes les plus dommageables, à savoir la dégénérescence infectieuse et l'enroulement. Cela ne confère pas de résistance aux plants, mais cela évite de multiplier du matériel infecté et de contaminer une parcelle saine.

2 - La sélection agronomique
L'obtention de types intéressants, à l'intérieur d'un cépage, est un travail de longue haleine, qui commence par une sélection visuelle dans de vieilles parcelles de vigne. Pendant au moins trois ans de suite, les techniciens de l'A.T.V.B., souvent en collaboration avec les vignerons, passent dans ces parcelles en marquant des pieds présentant un aspect prometteur : nombre de grappes modéré, distribution homogène, production régulière. Des notations sont également faites sur l'aspect des feuilles, des grappes et des grains.
Au bout de trois ans, si les ceps retenus ont franchi avec succès le barrage des tests sanitaires, il est procédé à la récolte des bois, qui seront greffés pour être multipliés. Ainsi, les nouveaux pieds de vigne obtenus seront implantés en collection d'étude.

Il sera alors possible de comparer de façon objective les performances de chacune de ces lignées, sur des caractéristiques comme le rendement, le degré alcoolique probable, l'acidité ou encore la sensibilité à la pourriture grise.

3 - La sélection oenologique
Il reste à ces pieds de vigne à subir l'épreuve ultime : celle de la vinification et de la dégustation.

La vinification a lieu dans la cuverie expérimentale du C.I.T.V.B. (centre technique interprofessionnel de Bourgogne), en collaboration avec le COB (Centre Œnologique de Bourgogne).

Les vins obtenus sont dégustés à l'aveugle, par un jury de professionnels et de techniciens. A cet effet, il est utilisé des fiches de dégustation normalisées permettant un traitement statistique des résultats par informatique (analyse de variance, recherche de PPDS et analyse en composantes principales).

On peut toutefois remarquer que s'il existe des différences, il semble que celles-ci ne s'opposent pas à l'effet du terroir, qui imprime immanquablement sa marque au vin.

En effet, après dégustation plusieurs années de suite et multiplication des meilleures sélections, il est implanté dans tout le vignoble bourguignon des parcelles de comportement afin de confirmer (voire d'infirmer le cas échéant) la qualité des produits obtenus.

Les raisins issus de ces parcelles sont alors vinifiés et dégustés dans les mêmes conditions que ceux des collections, et s'il apparaît que d'une façon générale la hiérarchie se maintient à peu près, les vins sont très différents d'un Cru à l'autre.